Vedení společnosti
Nejvyšším orgánem společnosti je valná hromada. Rozhoduje především o majetkových záležitostech, o změnách stanov, o změnách základního jmění, roční uzávěrce, převodech majetku, změnách struktury společnosti a volí představenstvo a podstatnou část dozorčí rady. Hlasování na valné hromadě se řídí počtem akcií.
Kontrolním a strategickým orgánem je dvanáctičlenná dozorčí rada. Jsou v ní zastoupeni představitelé měst, akcionáři každého okresu nominují jednoho zástupce. Dva členy dozorčí rady navrhuje představenstvo ke zvolení valnou hromadou z řad zaměstnanců. Úkolem dozorčí rady je dohlížet na výkon působnosti představenstva a na uskutečňování podnikatelské činnosti. Funkční období členů dozorčí rady je čtyřleté.
Orgánem řídícím činnost společnosti je představenstvo. Představenstvo má pět členů, pracují v něm odborníci z managementu i zástupci obcí. Představenstvo zajišťuje vedení společnosti, svolání valné hromady, koncepci podnikatelské činnosti, plnění usnesení a rozhodnutí valné hromady a jmenuje generálního ředitele. Funkční období členů představenstva je čtyřleté.
Generální ředitel je jmenován představenstvem a zajišťuje činnost výkonného aparátu společnosti, řízení společnosti, evidenci majetku, strategické plánování, investiční přípravu a její financování.
Organizačně je společnost členěna na čtyři odbory:
Investiční odbor
V souladu s posláním společnosti a platnou legislativou zajišťuje investiční odbor rozvoj a obnovu vodohospodářského majetku společnosti. Zajišťuje zpracování krátkodobých plánů v koordinaci s dlouhodobými plány společnosti, dále zajišťuje výběrová řízení související s investiční výstavbou a vlastní přípravu a realizaci konkrétních opatření. K zajištění činností odboru může odbor využívat externích subjektů, přitom řídí jejich činnost a kontroluje jimi poskytované služby v rámci své gesce. Investiční odbor je co do působnosti členěn na útvar plánování a útvar realizace investic.
Odbor správy majetku
Odbor správy majetku zajišťuje správu vodohospodářského majetku, provádí dohled nad provozováním, opravami a udržováním majetku SVS. Dále odbor zajišťuje agendu Nabývání VH majetku, opatření charakteru zkapacitnění a přeložky. OSM je co do působnosti členěn na útvar provozních inspektorů a útvar majetku.
Ekonomický odbor
Ekonomický odbor řídí plánovací procesy a finanční toky. Útvar strategie a plánování zajišťuje především zpracování jednotlivých stupňů (dlouhodobé, střednědobé, roční) rozvojových a koncepčních dokumentů a plánů společnosti a jejich průběžné vyhodnocování. Útvar financí a účetnictví zajišťuje především vedení účetnictví a financování aktivit společnosti.
Odbor kancelář generálního ředitele
Odbor kancelář generálního ředitele zajišťuje administrativní a organizační podporu celé společnosti, kompletní personální agendu, včetně vzdělávání, BOZP a PO, oblast ochrany osobních údajů, změny v obchodním rejstříku, spisovou agendu společnosti, kompletní akcionářský servis, podporu v oblasti IT, interní i externí komunikaci a PR a právní služby společnosti. Zpracovává a metodicky zajišťuje koncernové a skupinové politiky: Personální, Komunikační, Ochrany osobních údajů, Protikorupční politiku koncernu a skupiny. OKGŘ je, co do působnosti, členěn na útvary Operativní, Právní, Compliance officera a Komunikace a PR.